Soit un inventaire de l'avifaune nicheuse rennaise réalisé en 1988 par Jo Le Lannic [http://ecographe.pagesperso-orange.fr/pab_nav.html ], est-il possible d'employer ces oiseaux comme des descripteurs de la similarité des formes des trames verte, bleues et minérales de cette urbanité ?

Nous avons les 16 carrés de 1x1km comme maille d'échantillonnage sur fond d'image Landsat de 1990 :


Nous avons aussi les carte d'abondance selon les mailles de ce quadrat pour les différentes espèces



Un calcul de distance entre les mailles avec l'indice de similarité de Jaccard  est effectué à partir des données de présence absence des différentes espèces (outil ADE4 de R) :
16
Bellangeraie 0.0000 0.5987 0.6409 0.5951 0.5976 0.5843 0.5436 0.5890 0.5563 0.6742 0.6820 0.5436 0.7559 0.6362 0.6325 0.5000
Tauveraie 0.5987 0.0000 0.5000 0.6325 0.6389 0.6292 0.5941 0.5774 0.6325 0.6547 0.6851 0.6443 0.7874 0.6928 0.7348 0.6143
Gayeulles_O 0.6409 0.5000 0.0000 0.5774 0.7004 0.6934 0.5883 0.5443 0.6262 0.6716 0.6782 0.5883 0.8126 0.7071 0.7276 0.6754
Gayeulles_E 0.5951 0.6325 0.5774 0.0000 0.6667 0.6571 0.5578 0.5053 0.6325 0.7071 0.6647 0.5898 0.8028 0.6470 0.6726 0.6389
Cimetière_N 0.5976 0.6389 0.7004 0.6667 0.0000 0.5145 0.6547 0.6325 0.5270 0.6689 0.6778 0.6247 0.6742 0.6236 0.5303 0.6470
Gros-Chêne 0.5843 0.6292 0.6934 0.6571 0.5145 0.0000 0.5774 0.6216 0.5927 0.5855 0.5941 0.4932 0.6614 0.5222 0.5080 0.5701
Maurepas 0.5436 0.5941 0.5883 0.5578 0.6547 0.5774 0.0000 0.5164 0.5477 0.6439 0.5452 0.4939 0.7583 0.5991 0.6602 0.5641
Long-Champs 0.5890 0.5774 0.5443 0.5053 0.6325 0.6216 0.5164 0.0000 0.5963 0.6498 0.5976 0.5164 0.7746 0.6100 0.6362 0.5774
Hôtel-Dieu 0.5563 0.6325 0.6262 0.6325 0.5270 0.5927 0.5477 0.5963 0.0000 0.5927 0.5606 0.6172 0.6969 0.5774 0.6094 0.6100
Thabor 0.6742 0.6547 0.6716 0.7071 0.6689 0.5855 0.6439 0.6498 0.5927 0.0000 0.4399 0.6124 0.6614 0.5688 0.6761 0.7372
Jeanne_d_Arc 0.6820 0.6851 0.6782 0.6647 0.6778 0.5941 0.5452 0.5976 0.5606 0.4399 0.0000 0.6202 0.6720 0.4752 0.6513 0.6988
Beaulieu 0.5436 0.6443 0.5883 0.5898 0.6247 0.4932 0.4939 0.5164 0.6172 0.6124 0.6202 0.0000 0.7338 0.5620 0.5528 0.5283
Mairie 0.7559 0.7874 0.8126 0.8028 0.6742 0.6614 0.7583 0.7746 0.6969 0.6614 0.6720 0.7338 0.0000 0.6476 0.6831 0.7715
Oberthur 0.6362 0.6928 0.7071 0.6470 0.6236 0.5222 0.5991 0.6100 0.5774 0.5688 0.4752 0.5620 0.6476 0.0000 0.5388 0.6247
Villebois-Mareuil 0.6325 0.7348 0.7276 0.6726 0.5303 0.5080 0.6602 0.6362 0.6094 0.6761 0.6513 0.5528 0.6831 0.5388 0.0000 0.5849
Plaine_de_Baud 0.5000 0.6143 0.6754 0.6389 0.6470 0.5701 0.5641 0.5774 0.6100 0.7372 0.6988 0.5283 0.7715 0.6247 0.5849 0.0000

La méthode des arbres additifs (Sattah et Tversky (1977) permet de représenter les proximités entre mailles sous forme d’un arbre
valué à distance additive composé de sommets correspondant aux mailles à classer et de nœuds internes reliés par des arêtes.
Une interface permettant de faire le calcul (ADDTREE) et de produire le graphe est disponible en ligne à http://www.labunix.uqam.ca/~makarenv/trex.html

L'arbre obtenu permet ensuite de visualiser la proximité des différentes mailles selon leur populations d'oiseaux nicheurs. La particularité de ces similarités est d'intégrer une dimension verticale à travers la structuration de la végétation qui détermine pour une part importante la présence des différentes espèces, ainsi que la dimension des réseaux trophiques qui assurent la nourriture de ces espèces. Ces dimensions sont absentes de l'imagerie satellitaire, il serait donc intéressant de comparer la similarité entre les mailles que peuvent donner les différentes signatures spectrales de l'image satellite....

Il est aussi possible de passer par la librairie {vegan} de R pour obtenir une matrice de distance selon l'indice de Gower puis un arbre de distance minimale