Je recommande aussi les conférences du collège de France "La mondialisation de la recherche : compétition, coopérations, restructurations" : une analyse rationnelle des réformes actuelles dans un climat mondialisé.
Quelques orateurs : G. Fussman G. Berry (INRIA) P. Joliot E. Zerhouni (NIH) J. Mairesse A. Fagot-Largeault, A. Prochiantz P.Kourilsky
"La mondialisation de la recherche bien qu’elle soit une chance et une nécessité (elle l’a toujours été) peut présenter un réel danger dû à une concurrence intense à l’échelle internationale, source de renoms et de budgets, mais qui s’accompagne du secret (réduisant les coopérations), de gaspillage d’argent, et peut être génératrice de fraudes, et d’emphase dans la présentation des projets et des résultats" (en ces termes par Gérard Fussman).
Les chercheurs sont prisonniers d’une course aux publications
(des chercheurs danois se sont attaqués à la question !)
Les bénéfices sociaux attendus du monde académique peuvent être classés
en trois catégories : recherche, éducation et contribution à la
société. Dès lors, si l’on évalue la situation en sciences humaines et
sociales à l’aune de ces critères, un phénomène se fait jour, en Europe
comme en Amérique du Nord.
"Je veux aller à l’université, je veux faire quelque chose de ma vie" disait un jeune étudiant anglais lors des manifestations récentes de Londres. On le sait déjà bien, de moins en moins d’anglais feront des études universitaires à cause de frais très élevés. La nouvelle réforme prévoit de les faire passer de 3290 livres (3867 euros) par étudiant et par an à 6000 livres, et dans "des circonstances exceptionnelles" à 9000 livres !!!
La protestation universitaire gagne le reste de l’Europe. Après la France et l’Allemagne, c’est au tour de la Grande Bretagne et des Pays-Bas de protester contre de nouvelles réformes universitaires.
scientifique et biomédicale bien sûr ... Dans le cadre de l’IFR 140, axe "Réseaux d’expression génétique : in vivo, in vitro et in silico" , Ulf Leser de la Humboldt Universität zu Berlin présentera ses travaux sur l’extraction des interactions protéines-protéines de la littérature scientifique. Co-invitation Laure Berti-Equille (IRISA) et moi-même.
Titre : Extraction of protein-protein interactions from the literature
Date et lieu : Jeudi 17 juin 2010 à 14h, Irisa, salle Métivier, campus de Beaulieu
Résumé : Information
Extraction, i.e., the automatic extraction of facts from scientific
papers, has become an important topic in bioinformatics, given the
enormous amount of new publications flooding researchers desks on a
daily basis. I will give a short overview of the main applications and
techniques in the field, report on some recent results in extracting
protein-protein interactions on a large scale, and highlight the
relationship to current work on IE in the database community.
C’est une question légitime en
ces temps où les fruits de l’informatique sont consommés par tous. Cette question m’a toujours traversée, surtout quand on a le courage
d’être à la "frontière" de cette discipline, confrontée à d’autres
disciplines comme les sciences de la vie et la médecine. C’est aussi un atout, car comme
le disait Edgar Morin : "l’interdisciplinarité est aujourd’hui une
urgence".
Quand j’avais mis les pieds pour
la première fois dans un laboratoire de biologie en tant
qu’enseignante-chercheuse, je n’étais pas perçue comme telle. Mes collègues de bureau me sollicitaient à chaque fois qu’ils avaient un bug sur leurs
ordinateurs : sous Windows, Word, Excel ou Powerpoint. Je n’avais pas
toujours de solutions à leur apporter. J’étais pourtant une informaticienne! Je
leur avais dis un jour que ce n’était pas ça l’informatique.
Je pense qu’ils
l’ont bien compris depuis ...
En effet, l’informatique puisent
ses sources des mathématiques, de l’algorithmique, de la logique, du
raisonnement automatique et n’a pas beaucoup à voir avec les bidouillages
quotidiens sur notre ordinateur.
Tout récemment, une chaire dédiée
à cette discipline en tant que science, a enfin vu le jour au Collège de France.
Elle a été accordé à Gérard Berry. A ce propos, lire le billet "informatique: la France peut mieux
faire" sur le blog de Serge, dont voici un extrait :
« On l’a assez répété : l’économie française ne se développera
qu’avec les hautes technologies. Or leur point commun est de s’appuyer sur
l’informatique. Mais qu’est-ce que l’informatique ? Il ne s’agit pas de «
science des ordinateurs » (computer science en anglais), expression trop
restrictive, mais d’une science qui englobe le traitement de l’information par
des programmes et inclut la robotique, l’automatique les télécommunications
modernes, etc.
En France, on confond trop souvent informatique et science des
ordinateurs, d’où l’invention de termes tels que « sciences et technologies de
l’information et des communications (stic) » ou « sciences du numérique ».
L’absence d’un terme clair pour désigner un concept ouvre la porte à la
confusion. On finit ainsi par entendre que la France n’a que peu d’industrie informatique.
C’est vrai dans un sens étroit : on n’y construit pas beaucoup d’ordinateurs et
on n’y est pas à la pointe pour l’édition de logiciels à destination du grand
public. Mais pour ce qui est de l’informatique au sens large, le reproche est
stupide. La France
est en très bonne position pour d’autres matériels informatiques (tels les
composants pour systèmes embarqués) et dans de grands domaines de
l’informatique au sens large (télécommunications, multimédia, jeux vidéo,
etc.), essentiels à nos industries de pointe (aéronautique, pharmaceutique,
transport, etc.). »
La supercherie a été révélée le 24 décembre par le journal Nature, puis dans le quotidien "Le Monde" le lendemain.
D’après un commentateur de l’article, une autre revue de cristallographie
annonçait le 19 décembre, le retrait de 70 articles frauduleux publiés en 2006-2007.
C’est d’autant plus grave, que le fraudeur a publié dans des revues prestigieuses (dont Nature, PNAS, Cell) avec comité de
lecture ou "peer reviewed".
L’impact factor lui donnera raison puisqu’il fera beaucoup de bruit. L’évolution actuelle de la recherche, la précarisation des
jeunes chercheurs, l’obsession de l’évaluation, les revenus de plus en plus fortement liés aux
publications dans des revues prestigieuses, en poussera certainement
beaucoup à la fraude.
La science va mal, très mal, a dit Laurent Ségalat, auteur de "La science à bout de souffle" aux éditions du Seuil, dans une émission de France Culture, ci contre : La science est–elle pervertie par l’obsession de l’évaluation ?; Invité aussi à l’émission le président de l’AERES.
Allons nous bientôt vivre une crise des sciences qui aura l’ampleur de la crise financière des "subprimes".
Ci-dessous le lien vers l’article paru dans le quotidien Le Monde, du 25 décembre 2009.
Après 3 mois de congé maternité, je consacre mon billet de reprise au sujet du financement de la recherche en bioinformatique.
Voici un lien vers la revue généraliste "Biomedical Computation Review" que j’ai trouvé sur le blog "Building Confidence" de Russ
Altman. C’est à la fois une revue scientifique qui publie des travaux sérieux en biologie
computationnelle appliquée au HIV, au cancer, à la neurologie et aux systèmes
complexes de la biologie; mais aussi des rubriques générales, plus vulgarisées, comme par exemple la place de la femme en bioinformatique, l’humain et la
machine, etc.
La revue est entièrement libre et consultable en ligne, même si les éditeurs
encouragent de s’y abonner pour le confort d’une lecture hors-ligne,
"n’importe où", "n’importe quand", mais aussi pour la
survie de la revue.
Un bref article de S. Subramaniam a retenu mon attention. L’auteur y expose
des arguments plausibles sur la nécessité, voire l’urgence de renforcer le
financement de projets de recherche appliquée en bioinformatique afin de les
rendre aussi compétitifs que des projets de recherche fondamentale (en bio ou
en info).
J’en cite quelques uns :
La
recherche biomédicale est une science très contextuelle et pour qu’elle
puisse prospérer, les infrastructures logicielles de bioinformatique à développer
doivent avoir un contenu très riche en détails biologiques par opposition
à de simples formulaires génériques.
Un professionnalisme
informatique de haut niveau est nécessaire pour concevoir des outils
performants, mais si ceux là même n’incorporent pas assez de biologie dans
leurs contenus, ils seront non pertinents. L’exemple de Genbank est
frappant: l’infrastructure logicielle la plus utilisée dans le monde
biomédical, n’a pas été conçue au départ avec les meilleures pratiques de
l’informatique, et pourtant .... On peut aussi citer d’autres exemples.
Les
chercheurs biomédicaux bien que très familiers avec la bioinformatique de
base, connaissent très peu de choses à l’informatique en tant que science.
Il leur est donc difficile de comprendre, d’évaluer, voire d’accepter des
propositions de projets bioinformatiques avec une forte connotation informatique.
Rendre aussi compétitifs
des projets de développement de software pour la biologie (donc recherche
appliquée) que des projets de recherche fondamentale (en biologie, mais aussi en bioinformatique) contraindra les responsables "honnêtes" de ces projets dans
l’apprentissage des détails biologiques qui restent le fondement des
logiciels à développer.
Je pense néanmoins que toutes les méthodes pragmatiques de développement en bioinformatique (i.e. sans trop de recul sur le plan informatique) pose le problème de l’extension et de l’évolution de ces outils. D’autant plus que dans ce domaine, l’émergence continue de nouvelles infrastructures biotechnologiques engendre une évolution très rapide des besoins en analyse (requirement analysis).
Le congrès international DILS (pour Data Integration in the
Life Sciences) est depuis 6 ans un workshop international qui regroupe des
chercheurs en bioinformatique travaillant dans le domaine de l’intégration de
données biologiques et biomédicales.
Cette année DILS aura lieu à Manchester. Le programme comporte plusieurs sessions qui promettent d’être
particulièrement intéressantes (voir http://www.cs.manchester.ac.uk/DILS09/schedule.php) N’hésitez donc pas à aller à Manchester pour être au rendez-vous des nouveautés
du domaine !
En 2008, nous avions co-organisé DILS à Paris-Evry (http://dils2008.lri.fr/).
L’initiative a été prise par le groupe de travail "Intégration de Systèmes
d’Informations en Biologie"IsiBio, auquel nous faisions partie. IsiBio
regroupe plusieurs chercheurs du domaine de l’intégration de données, issus de divers laboratoires en France. Sur
place à Paris, c’est l’équipe Bioinformatique de Christine Froideveaux, professeur à Paris XI qui a
pris en main l’organisation "physique" du congrès.
En 2007, DILS a eu lieu en Pensylvianie aux états-unis.
Être scientifique n’est pas qu’une profession, c’est aussi une attitude. L’attitude de tous ceux qui se disent scientifiques, de tout acabit, et face à n’importe quel évènement : c’est de faire d’abord l’état des lieux de manière rationnelle et équilibrée (sans polémique), de nourrir leurs réflexions, avant de se forger leurs propres opinions (proposer) :
24 Avril 2009 - Les controverses du progrès : une emission filmée de radio france culture: Valérie Pécresse et J.B Prévost (président Union des Etudiants de France) face à Emmanuel Laurentin et d’autres acteurs (dont enseignants, chercheurs et une écrivain). Cliquez ici pour visionner l’émission . Le débat est animé, et J.B Prévost (assez mature pour son âge) a su tenir tête à la ministre. J’ai vraiment apprécié la dernière réflexion (distanciée) d’une écrivain et artiste (Elizabeth Hupert), alors, visionnez jusqu’au bout.
Refondation de l’université : article du 14 mai paru dans le Monde Vingt-neuf personnalités lancent un appel pour "refonder l’université" Les réactions des lecteurs sont toujours sur le site du journal. On y apprend aussi plein de choses, notamment sur les attentes des grandes écoles (par ex: professionnalisation non prévue après les prépas, pour l’encadrement des étudiants, le volume horaire est soustrait des heures d’enseignements!). Toutes les réactions des lecteurs ici
Article paru dans Nature (2007) (ci-joint), cité dans les réactions à l’article de Perez (paru dans lesechos.fr du 08/01/09) sur la recherche en France (Perez principal inspirateur du discours de Sarkozy) : ici .
OBAMA a triomphé et avec lui le triomphe de l’universalisme. Oui. C’est LE CHANGEMENT pour les Etats Unis d’Amérique que j’admire car c’est un VRAI
pays laboratoire. Obama a gagné en insufflant de la confiance et de l’espoir. Il n’a pas gagné par la peur ni par paternalisme. C’est donc possible. C’est aussi la promesse d’un début de changement des
mentalités en France et dans tous les pays qui se déclarent libres, ainsi que dans le monde entier.
C’est une question légitime en
ces temps où les fruits de l’informatique sont consommés par tous. 
OBAMA a triomphé et avec lui le triomphe de l’universalisme. Oui. C’est LE CHANGEMENT pour les Etats Unis d’Amérique que j’admire car c’est un VRAI
pays laboratoire. 